获取pfam结构域表格,iptables raw表

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1.5通过localblast+获得参考基因家族（候选基因家族成员）的同源序列；1.6获得候选基因家族成员的序列信息；1.7通过结合系统发育树、保守域和保守基序（motifs）等确定最终基因。 以fasta格式输入族以注释​​域。 方法2：本地化方法：首先下载pfamA数据库http://ftp.ebi.ac.uk

PS：这里不讨论Pfam数据库，因为Pfam数据库是基于蛋白质域序列构建的。 另外NCBI的数据库更新速度应该是最快的，因为发表文章之前需要将数据上传到Genbank或者EMBL数据中获取访问$gunzipPfamScan.tar.gz12安装完成后，PfamScan目录下有三个主要文件：ChangeLog、pfam_scan.pl、README和文件夹Bio（主要存放需要的模块），可以直接使用pfam_scan.pl脚本

对于这个数据库，数据库提供了多种输入方式。我们可以：1）输入序列进行比对，看看它属于哪个蛋白质家族；2）我们可以输入蛋白质相关结果：domain；3）我们还可以使用Detectword存储检索符合要求的。随着高通量测序技术的发展，我们可以通过一级序列来预测基因的domain。pfa和智能数据库是一个不错的选择。下面我结合我的经验。 完成多个序列文件的域注释。 虽然

●﹏● Fig1.Proteindomain.pngPfam是一个广泛使用的蛋白质家族域数据库，它依赖于多重序列比对和隐马尔可夫模型(HMM)来识别一个或多个蛋白质功能域。 2.Pfam-A数据库简介（1）PfamPf蛋白质结构的测定对于生物学研究非常重要。 方法(1)Pfam数据库Pfam是蛋白质家族和功能域的数据库，而不是蛋白质本身的数据库。该数据库包括蛋白质家族的注释和隐马尔可夫模型建立的特定特征。

研究基因功能的人会特别关注基因的功能域。通常我们认为功能域决定了基因的功能。 随着高通量测序技术的发展，我们完全可以通过一级序列来预测pfam中蛋白质的保守域的访问数。下图是pfam数据库的主页。首先，我们需要获取pfam数据库中蛋白质的保守域。 请求号码（格式一般为"PF"+阿拉伯数字）。 常用的获取方法有两种：一是从文献中查找；二是