曼哈顿图里的点的意义,曼哈顿球图片

曼哈顿图里的点的意义,曼哈顿球图片

一般来说，首先查看Q-Q图。如果Q-Q正常，则曼哈顿图的结果将有意义。 MSMC（multiplesequentiallyMarkoviancoalescent）[27]，底层算法非常复杂，与PSMC类似。 MSMCistopusha曼哈顿图的主要功能是一种散点图，通常用于显示具有大量数据点、许多非零幅度和较高幅度值分布的数据。 该图通常用于全基因组关联研究(GWAS)来显示重要的SNP（来源维基）。 GWA中的曼哈顿共同图

1.曼哈顿图中的点不代表样本，而是SNP；纵坐标代表SNP位点对应的p值，通常转换为log10（p值）。 通常我们会选择ep-value=5*10E-8作为基线，即纵轴上7.3的位置对应的SNP是曼哈顿图。最常见的场景是GWAS分析后，经常用它来显示基因组与某些与表型显着相关的SNP位点基因型信息之间的关系。 一般来说，横轴代表染色体，纵轴代表SNP位点与表型之间关联的显着性。

请记住：曼哈顿图中的点并不代表样本，而是代表SNP。 思考：在曼哈顿图中，显着的SNP并不显得鹤立鸡群，而是似乎得到了提升，就像一座高楼大厦，逐渐从下面浮现出来。 这个建筑实际上是一个曼哈顿图，本质上是一个散点图，用于显示大量非零的大规模波动值。它首先使用全基因组关联分析（GWAS）研究来显示高度相关的位点。 它因与曼哈顿天际线的相似而得名（例如

群体遗传与重测序分析测序价格变化趋势0⼼变异的几种类型常见的变异类型包括SNP、IdDel、SV、CNV等。 最受关注的重测序是SNP，其次是InDel。 关于其他结构变化的研究并不多。 注：对于显着相关的站点，与曼哈顿图结合起来会更加引人注目。）图4（c）显示，大多数点位于对角线下方，这意味着大多数站点的观测P值小于预期值。 主要原因包括两种情况：1）模型不合理和P值

在GWAS分析中，当我们通过曼哈顿图看到某些SNP和表型图性状（或疾病）具有很强的相关信号（例如，p值<10^-6甚至10^-8）时，我们仍然不能直接认为这些位点与表型显着相关。 这是因为基础曼哈顿图本质上是一个散点图。图中的每个点代表一个位点，横坐标是该位点在染色体上的位置，纵坐标是通过相关分析计算出的显着性p值。 离子电流图：离子电流图显示化学性质