曼哈顿图与qq图,曼哈顿高清图

曼哈顿图与qq图,曼哈顿高清图

曼哈顿图：在生物学和统计学中，在做频率统计、突变分布和GWAS相关性分析时，我们经常会看到一些非常漂亮的曼哈顿图，可以清楚地了解候选位点的分布和数值。 站点坐标和p值。 地图文本Manhattanplot和QQplot是GWAS分析结果的重要组成部分。与qqman包相比，CMPlot包绘制的图更加美观。下面的代码是CMPlot绘制结果。代码也很简单。小云直接把它放在libr下面

install.packages("qqman")#安装qqman包库(qqman)#加载qqmanvignette("qqman")#查看帮助文档qman包含GWAS结果的数据集，可用于创建曼哈顿图和q-q图。 常见的数据图有QQ图和曼哈顿图。 例如：什么是QQplot？QQplot，全称是分位数-分位数图，也称为"分位数图"。它是判断模型假阳性和假阴性的重要指标。 《为什么要用QQ图库呈现GWAS的结果？》1

那么QQplot有什么比较功能呢？ 它比较了观察到的P值（Y轴）和P值的期望值的一致性。在GWAS分析的文献中，它几乎总是与曼哈顿图一起出现。 P值的期望值是多少？我们需要从统计开始。 图1类似QQManhattanchartGAPITplotGEMMAanalysisrMVPcodeQQchartrMVPqqmanPCAplotManhattanchartGAPITplot###GAPIT网址：http://zzlab.net/GAPIT/###源代码：http://zzlab.net/GAPIT/gap

mycol3<-c("#3399ff","#99cc33","#ffcc00")使用qqman绘制曼哈顿图和QQcharts#加载qqman包中附带的数据;data(gwasResults)#预览数据;head(gwasResults)#绘制曼哈顿图;par(mgp=c(1.2,0#使用qqman绘制曼哈顿图# 使用qqmantodrawaqqplotdata<-read.table("GE_GWAS.assoc.txt",header=TRUE,sep="\t")result_data<-data[,c("chr","rs","ps","p_wald") ]